دو برادر مادرشان را به دلیل یک بیماری لاعلاج از دست می دهند. آنها با نیروی علم کیمیا، از دانشی ممنوع برای برانگیختن مادرشان استفاده می کنند. اما کار آنها با شکست رو به رو می شود و به عنوان مجازاتی برای استفاده از این گونه کیمیا، برادر بزرگتر، "ادوارد الریک" پای چپش و برادر کوچکتر، "الفونس الریک" تمام بدنش را از دست می دهد. "ادوارد" برای نجات برادرش دست راستش را قربانی می کند و می تواند روح برادرش را به یک زره کامل پیوند بزند و "ادوارد" با کمک یک دوست خانوادگی اعضای بدن فلزی، "اتومیل"، را دریافت می کند تا آنها را جایگزین اعضای از دست رفته اش کند. با این کار او سوگند یاد می کند که به دنبال "اکسیر" بگردد تا خود و برادرش را به بدن های اولشان بازگرداند، حتی اگر این بدین معنا باشد که او یک "کیمیاگر ایالت" شود، یعنی کسی که از کیمیا برای ارتش استفاده می کند.
ادامه اي بر سري اول Clannad، اين داستان مسير جديدي را در اين سري باز مي كند. زندگي براي تومويا ادامه دارد، چند ماهيست كه او به عشق خود، ناگيسا، رسيده است و با هم هستند. حال وارد شش ماه دوم مي شويم، تومويا به ديدن افراد متفاوت ادامه مي دهد و دنياي خود را بزرگتر مي كند، و نيز رابطه ي تومويا و ناگيسا وارد مرحله جديدي مي شود. در جريان ارتباط او با ناگيسا و برخورد با آدم هاي متفاوت تومويا معني و اهميت خانواده را درك مي كند. بعد از اينكه تومويا و ناگيسا تشكيل خانواده مي دهند در ادامه راه به يك سري سختي ها و چالش ها برمي خورند...
یک دانش آموز دبیرستانی که علاقه زیادی به مدرسه و دیگران ندارد با دختر تنهایی که مجبور است برخلاف دوستانش یک سال از مدرسه را تکرار کند آشنا می شود. و تصمیم می گیرد با او دوست شده و...
در دنیای مملو از موجوداتی خطرناکی به نام youma دختر جوانی با چشم های نقره ای به نام Clare که از طرف سازمانی که دخترانی جوان که نیمی youma هستند را آموزش می دهد به نابودی این موجودات می پردازد. با در نظر گرفتن همراه کردن پسر جوانی با خود و از دست دادن کنترل خود به نیمه ی youma و با Awakening شدن به او ماموریت های خطرناک تری محول می شود.
rock کارمند ساده مرکز بزرگ تجاری در ژاپن است . تفریحات او به سیگار کشیدن و صد البته تیپا خوردن از روسایش خلاصه می شود. بر حسب اتفاق ، او توسط یک گروه دزد دریایی به گروگان گرفته می شود و این آغاز زندگی جدید اوست. پس از آزادی وی ترجیح میدهد که به زندگی با این افراد ادامه دهد . این گروه به اسم Black Lagoon معروف بوده و از افراد زیر تشکیل شده است :- Revy ملقب به تیر اندازبا هر دو دست دختری با اصلیت چینی _ ژاپنی ، قصی القلب و البته ماهر در تیراندازی- Dutch آمریکایی سیاه پوست دورگه که رهبر گروه بوده و هماهنگی بین افراد و گرفتن ماموریتها بر عهده اوست. Benny : دانشجوی فلوریدایی که استاد در زمینه مخابرات و کامپیوتر بوده و وظیفه ارتباطات گروه رو بر عهده دارد. بعد از پیوستن راک به این گروه ، انیمه به روابط بین افراد گروه و ماموریتهای آنها می پردازد.
زندگي در ژاپن فئودال آسان نيست. خصوصا حالا که فضاييها آمده و همه چيز و همه جا را به تصرف خود درآوردهاند! خب البته، اوضاع بيمه و بهداشت عالي شده، اما ممنوعيت عمومي استفاده از شمشير، بسياري از ساموراييهاي شکستخورده را با تصميم سختي روبهرو ساخته که همانا انتخاب مسير زندگي آيندهشان است! اين موضوع، خصوصا در مورد افرادي از جمله گينتوکي ساکاتا صدق ميکند که به شغل درازمدت و منظمي پايبند نيستند. اين شد که گينتوکي، دنبال شغل آزاد رفته و هر کاري به او پيشنهاد شود، ميپذيرد، البته تا جايي که حقوق آن به اندازهي کافي باشد. اما ...