در آینده ای نسبتا نزدیک، یک تکنولوژی نوآورانه ظهور کرده است. در شبکه های اجتماعی، شایعات در مورد پدیده های عجیب و غریب که اصالت آن ناشناخته است، به عنوان "ارواح هولوگرام" شناخته می شود. هیرو آمانوکاوا یک دانش آموز که تازه به دبیرستان آکادمی هیزاکورا رفته، یک دستگاه مرموز که توسط پدرش به نام (دیجیوایس) باقی مانده را فعال میکنه. با فعال کردن اون دستگاه حالا هیرو قادر به دیدن موجودات ناشناخته به نام دیجیمون میشه که توسط افراد عادی قابل دیدن نیستند.
دانشآموز دبیرستانی «هایاسه ناگاتورو» عاشق اینه که وقتهای بیکاری سر به سر سنپایش بذاره! بعد از اینکه ناگاتورو و دوستاش به طور تصادفی نقاشی یه هنرمند مشتاق رو پیدا میکنن، اونا از بیرحمانه سربهسر گذاشتن سنپای خجالتیشون لذت میبرن. و اون با سماجت خاصی تصمیم میگیره این بازی ظالمانه رو ادامه بده و هر روز بهش سر میزد تا سنپای هر کاری که اون میخواد رو به سرعت انجام بده، که کاملا باعث اذیت شدن سنپای میشد. یه مقدار برنگیخته و تا حدودی ترسیده، سنپای دائما به زور وارد مسخره بازیهاش میشد همونطور که از سلایقش، عادتهاش و حتی شخصیتش بر علیه استفاده میشد و ...
وقتی یه تراژدی خونوادگی زندگیش رو زیر و رو میکنه، تورو هوندای دبیرستانی 16 ساله مجبور میشه زندگیش رو به دست بگیره و بره... به یه چادر! بدبختانه خونه جدیدش رو توی یه ملک شخصی متعلق یه قبیله مرموز به اسم سوما سر هم میکنه و خیلی طول نمیکشه که مالکین راز اون رو میفهمن. ولی تورو خیلی زود میفهمه که اون خانواده بهش پیشنهاد سرپرستی دادن و سوماها هم رازهای خودشون رو دارن...
داستان انیمه به صدها سال قبل باز میگردد. جایی که انسانها بدست تایتانها کشته میشدند اما عده اندکی از آنها موفق شدند در شهری با دیوارهای بسیار بلند (حتی بلندتر از بزرگترین تایتانها) پناه بگیرند و جان سالم بدر ببرند. صد سال به همین منوال میگذرد تا اینکه...