آینده دور، 5012. حمله هوایی ناگهانی به زمین توسط <بیگانگان > و ساخته های آنها <شکل های حیات ماشینی بشریت را به مرز انقراض کشاند. تعداد بازماندهای از انسانهایی که برای سازماندهی یک ضدحمله با استفاده از سربازان اندرویدی برای بازپس گیری زمین به ماه پناه بردند. با این حال، جنگ به بنبست میرسد، زیرا «شکلهای حیات ماشینی» به بینهایت تکثیر ادامه میدهند. به نوبه خود، بشریت واحد جدیدی از سربازان اندرویدی را به عنوان سلاح نهایی به کار می گیرد: <YoRHa> که به تازگی به زمین اعزام شده است <2B> به 9S> می پیوندد، تحلیلگری که در حال حاضر در آنجا مستقر است، جایی که در میان ماموریت خود، آنها با تعداد بی شماری از پدیده های مرموز روبرو می شوند. این داستان این اندرویدهای بی جان و مبارزه بی پایان آنها به خاطر بشریت است.
وقتی یه تراژدی خونوادگی زندگیش رو زیر و رو میکنه، تورو هوندای دبیرستانی 16 ساله مجبور میشه زندگیش رو به دست بگیره و بره... به یه چادر! بدبختانه خونه جدیدش رو توی یه ملک شخصی متعلق یه قبیله مرموز به اسم سوما سر هم میکنه و خیلی طول نمیکشه که مالکین راز اون رو میفهمن. ولی تورو خیلی زود میفهمه که اون خانواده بهش پیشنهاد سرپرستی دادن و سوماها هم رازهای خودشون رو دارن...
میدونید، مردم با حق برابر به این دنیا نمیان! میدوریا ایزوکو از وقتی چهار سالش بود مورد آزار و اذیت همکلاسی هایی قرار می گرفت که قدرتهای فوق العاده داشتند. ایزوکو یک مورد نادر بود که بدون هیچ قدرتی به دنیا اومده بود. تمام این اتفاق ها باعث نشد اون از حرکت کردن به سمت چیزی که آرزوش را داشت دست بکشه، تبدیل شدن به یک قهرمان بزرگ دقیقا مثل مردی که همیشه تو زندگی تحسینش می کرد، ممکنه در اوج ناامیدی در اوج گریه و فریاد از نرسیدن... با کمک کسی که همیشه میخواست مثل اون باشه شانسی برای رسیدن به رویاهاش پیداکنه؟