داستان این انیمه در یک جهان مدرن و متمدن از حیوانات انسان مانند جریان دارد. در این جهان، شکافی فرهنگی میان حیوانات گوشت خوار و گیاه خوار به وجود آمده است.
ناروتو یک نینجای جوان بود که استعداد عجیبی برای آزار و اذیت کردن دیگران داشت، او به رویای خود یعنی تبدیل شدن به قویترین و برترین نینجای دهکده خود رسید و سرانجام چهرهی صورت ائ را به عنوان هوکاگه در کنار دیگر هوکاگه ها برای یادبود قرار دادند. اما این بار دیگر داستان متعلق به ناروتو نیست بلکه درباره نینجاهای جوانی از نسل جدید است که آمده اند تا جا پای او و گذشتگان بگذارند و اتفاقاً سر دسته آنها پسر ناورتو، یعنی بروتو است...
میدونید، مردم با حق برابر به این دنیا نمیان! میدوریا ایزوکو از وقتی چهار سالش بود مورد آزار و اذیت همکلاسی هایی قرار می گرفت که قدرتهای فوق العاده داشتند. ایزوکو یک مورد نادر بود که بدون هیچ قدرتی به دنیا اومده بود. تمام این اتفاق ها باعث نشد اون از حرکت کردن به سمت چیزی که آرزوش را داشت دست بکشه، تبدیل شدن به یک قهرمان بزرگ دقیقا مثل مردی که همیشه تو زندگی تحسینش می کرد، ممکنه در اوج ناامیدی در اوج گریه و فریاد از نرسیدن... با کمک کسی که همیشه میخواست مثل اون باشه شانسی برای رسیدن به رویاهاش پیداکنه؟
داستان انیمه به صدها سال قبل باز میگردد. جایی که انسانها بدست تایتانها کشته میشدند اما عده اندکی از آنها موفق شدند در شهری با دیوارهای بسیار بلند (حتی بلندتر از بزرگترین تایتانها) پناه بگیرند و جان سالم بدر ببرند. صد سال به همین منوال میگذرد تا اینکه...