در پی آلودگی سطح زمین هیولایی جدید به وجود می‌آید به نام "هدورا" ! این جانور غول پیکر توانایی تشکیل مه های سمی و بزرگ را دارد، و با همین قابلیت قصد تخریب ژاپن و نابودی گودزیلا را دارد...
در گوشه هايي از زندگي مردمي که در يک محله ي فقير در حاشيه ي رودي در حومه ي توکيوي مدرن زندگي مي کنند.
یک شهر زیردریایی موجودی غظیم الجثه را برای نابودی جهان بالای خود اعزام می کند. گودزیلا و یک ربات عجیب مامور می شوند در مقابل این موجود از انسانها دفاع کنند...
