داستان در اواسط دوره موروماچی، دهه 1470 بعد از جنگ اونین و بونمی شروع میشه. داستان در نوتو پنینسولای خیابان هوکوریکو شروع میشه. شخصیت اصلی (هیاکیمارو) که 48 بخش بدنش رو نداره یه بدن مصنوعی میگیره که 48 هیولایی که بدنش رو گرفتن رو نابود کنه.
با زیرنویس چسبیده
ناروتو به همراه استاد خود جیرایا پس از ۳ سال تمرین و آموزش به دهکده مخفی برگ (دهکده کونوها) باز می گرددند. او امیدوار است با قدرت هایی که بدست آورده بتواند دوست خود ساسکه را پیدا کند و او را از دست اوروچیمارو نجات دهد. در این زمان گروه آکاتسوکی (سازمانی ناشناخته که شامل ۱۰ شینوبی قدرتمند است و هدفش جمع آوری هیولای دم دار است) آغاز بکار می کند و...
